一、科屬不同

1、黃連：黃連為植物界、被子植物門、雙子葉植物綱、原始花被亞綱、毛茛目、毛茛科、唐松草亞科、黃連族、黃連屬多年生草本植物。

2、巖黃連：巖黃連為植物界、被子植物門、雙子葉植物綱、原始花被亞綱、罌粟目、罌粟亞目、罌粟科多年生草本植物。

二、形態(tài)不同

1、黃連：黃連根狀莖呈黃色，常分枝，密生多數(shù)須根，葉基徨，堅(jiān)紙質(zhì)，卵狀三角形，三全裂，中央裂片卵狀菱形，羽狀深裂，邊緣有銳鋸齒，側(cè)生裂片不等2深裂，葉柄長5-12厘米，2-3月開花，4-6月結(jié)果。

2、巖黃連：巖黃連高15-40厘米，主根發(fā)達(dá)。莖1-3條，叢生，軟弱，葉具長柄，葉片輪廓三角狀卵武藝有，二回羽狀全裂，總狀花序頂生或與葉對(duì)生，長7-14厘米，苞片橢圓形至披針形，蒴果圓柱狀，略彎曲，種子多數(shù)，圓形，種阜杯狀，包住種子一半。

三、功效區(qū)別

1、黃連：黃連性寒，味苦，無毒，歸心、肝、脾、膽、胃、大腸經(jīng)，具有清熱燥濕、瀉火解毒等功效，主濕熱痞滿、嘔吐吞酸、瀉痢、黃疽、高熱神昏、心火亢盛、心煩不寐、血熱吐衄、目赤、牙痛，消渴、癰腫療瘡等癥，外治濕疹、濕瘡、耳道流膿等。

2、巖黃連：巖黃連味苦，性涼，歸胃、大腸經(jīng)，具有清熱、解毒、利濕、止痛、止血等功效，主肝炎、口舌糜爛、火眼、目翳、痢疾、腹瀉、腹痛、痔瘡出血等癥。