種子企業(yè)數(shù)量眾多，但競(jìng)爭(zhēng)力不強(qiáng)，行業(yè)集仍然中度低。行業(yè)內(nèi)擁有種子生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)許可證的公司最多時(shí)有8700多家，目前有所減少但仍有超過(guò)6000家，但最大的公司市場(chǎng)份額不到5%，行業(yè)前十名集中度CR10不到20%，行業(yè)過(guò)于分散，集中度低。大多數(shù)公司經(jīng)營(yíng)規(guī)模小，沒(méi)有市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)力，擁有育繁推一體化實(shí)力的公司不到100家，絕大多數(shù)公司沒(méi)有品種權(quán)，只是“代繁”或者“經(jīng)銷”公司。

　　行業(yè)內(nèi)公司過(guò)多會(huì)導(dǎo)致市場(chǎng)混亂，抗風(fēng)險(xiǎn)能力弱，因此國(guó)家也采取了相應(yīng)的措施，2011年頒布的新版《農(nóng)作物種子生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)許可管理辦法》就大幅提高了資本、人才方面的準(zhǔn)入門檻，新政策也支持和鼓勵(lì)種子企業(yè)兼并重組，未來(lái)種子行業(yè)的經(jīng)營(yíng)將逐漸趨向于規(guī)?；⒓谢?。

　　企業(yè)育種研發(fā)能力不足，缺乏長(zhǎng)期發(fā)展的核心競(jìng)爭(zhēng)力。長(zhǎng)期的計(jì)劃經(jīng)濟(jì)體制下中國(guó)的育種研發(fā)都是由國(guó)家出資、科研單位育種，種子公司只負(fù)責(zé)銷售，因此雖然市場(chǎng)化已有十多年的時(shí)間，公司仍然缺乏自主研發(fā)的積極性，研發(fā)投入不足，大部分企業(yè)研發(fā)投入占銷售收入的比例都在5%以下，遠(yuǎn)低于國(guó)外10%的先進(jìn)水平。而科研單位主導(dǎo)的育種存在著研究與市場(chǎng)需求脫節(jié)、缺乏分工合作、研發(fā)成果產(chǎn)業(yè)產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)化率低等問(wèn)題。

　　目前大部分公司的經(jīng)營(yíng)模式都是購(gòu)買“品種經(jīng)營(yíng)權(quán)”，真正有育種研發(fā)能力的極少。比如目前市場(chǎng)上占有率最高的玉米種子品種如鄭單958、先玉335、浚單20等，都不是參與品種推廣的公司自己育成的品種。而即使有研發(fā)能力的公司，也由于種質(zhì)資源、育種方法、育種人才等各方面的限制，育種水平不高，周期長(zhǎng)，效率低。良種商品化率低，定價(jià)機(jī)制不合理。目前中國(guó)良種商品化率還不到50%，其中雜交玉米、雜交水稻(主要是秈稻)、棉花、油菜等品種較高，而常規(guī)水稻(主要是粳稻)、麥、大豆、蔬菜等商品化率比較低，一方面是農(nóng)民的種植習(xí)慣和思維轉(zhuǎn)變較慢，很多人還愿意自留種。

　　另一方面也是因?yàn)樵诩庸ぁ?、包裝等方面比較差，大量粗制濫造的種子在市場(chǎng)上流通，不利于農(nóng)戶合理地選擇購(gòu)買和使用種子。此外，種子價(jià)格整體偏低，也是由于大量低價(jià)低質(zhì)的種子存在和套牌、倒賣種子的行為泛濫，導(dǎo)致高質(zhì)量的種子賣不上高價(jià)格，嚴(yán)重削弱企業(yè)的盈利能力和研發(fā)積極性。目前國(guó)內(nèi)玉米、水稻等雜交種子的種糧比大概在1：8-15左右，而小麥等非雜交種子則更低，遠(yuǎn)低于美國(guó)1：20-30的比例，種子費(fèi)用在種植總成本中的比例僅有6%，與種子對(duì)農(nóng)作物增產(chǎn)高達(dá)40%的貢獻(xiàn)率嚴(yán)重不匹配。