一、根部不同

萱草是百合科、萱草屬的植物，還被叫做川草花、忘郁、丹棘、金針菜、鹿蔥等，屬于中國的母親花。它是屬于宿根花卉，植株的底部具有較短的根狀莖和粗壯的肉質(zhì)根，形狀是紡錘狀的。

百合花是百合科、百合屬的植物，含有的品種比較的多，又叫做強蜀、強瞿、番韭、山丹、夜合花等。它屬于球根植物，鱗莖是球型，外面是淡白色的，是由較多的卵匙形的鱗片組合成的。

二、花朵不同

萱草在5月份左右就會開花，它的花朵比較的小，花柄比較的長，并且開花的時候，幾朵花會同時挨在一起，中間的距離比較的小，挨得比較的緊，花朵的顏色是橙黃色的，跟后者的區(qū)別是比較大的。

百合花在6月份左右會現(xiàn)蕾，花朵比較的大，形狀為漏斗形，在它開花時每朵花的間距也很大，并不是挨在一起的。雖然品種較多，但花色一般是白色的。